北宋末年，官吏貪贓枉法，盜賊橫行，法治混亂，民不聊生。曾為神捕司統領的諸葛正我有見及此，指望能重掌神捕司，依法辦案，伸張正義，整頓法紀，奈何奸臣蔡京當道，致令諸葛先生難獲徽宗皇帝重用，多年來被朝廷投閒置散，鬱鬱不得志。
身為朝廷命官的舒無戲一直希望相助好友諸葛正我重開神捕司，故多番向徽宗引薦備受冷落的諸葛先生，奈何屢試不果。直到諸葛先生獲徽宗任命，前赴大宋與大理邊境送贈古劍給齊王趙昌時，機緣巧合下偵破一宗連環兇殺案後，深得齊王讚賞，答應向徽宗提議重開神捕司。徽宗最終答應如果諸葛正我可以找到開國寶藏就重開神捕司。
這次送劍任務，諸葛先生帶同大弟子成崖余前往。崖餘外號無情，雖不良於行，但擁有超凡智慧，高傲自負，是為破案奇才。諸葛得無情相助，再加上當地的正義捕快，外號鐵手的鐵游夏，一宗撲朔迷離的連環兇殺案終於數天內迅速被偵破。諸葛先生斗膽向徽宗提出請求，只要協助徽宗尋回大宋的開國寶藏，就讓他重開神捕司，查辦一切冤案疑案。徽宗貪圖財富以及急於尋回趙家向江湖人士承諾的報恩令，終答允諸葛先生所求。
與此同時，一名外號追命的江湖騙子崔略商因涉嫌殺害愛人小透，面臨被處決的命運。諸葛先生知悉追命雖毫無大志，不務正業，卻絕非大奸大惡之徒，兼且擁有一身絕頂輕功，實是一名人才，故設計逼使鎯鐺入獄的追命協助調查開國寶藏的下落。追命為求沉冤得雪、以及揪出殺害小透的真凶，終答應諸葛先生所求。
另一方面，大連盟盟主淩落石同樣覬覦寶藏，故派出武功高強的殺手冷血狙擊眾人，雙方連番惡鬥，冷血終不敵三人而受創，更被困于寶藏石室中，生死一線，後得諸葛先生以德報怨救回。冷血為人雖然冷酷，但卻是重守承諾之輩，終答允為諸葛先生誓死效命一年，以還救命之恩。
開國寶藏得以尋回，神捕司終獲征宗批准而重開。無情、鐵手、追命和冷血被任命為司中四大捕快，成為諸葛先生旗下猛將，陸續偵破花石綱官員失蹤事件、瘟疫村瘋醫殺人事件等多宗奇案，伸張正義，為民拯命。
原來淩落石一直企圖稱霸武林，不斷巧取豪奪，陸續吞併江湖各幫各派，藉此配合蔡京獨攬朝政的野心。落石借助江湖黑暗勢力對抗神捕司，不斷陷害和殘害武林正派。蔡京更設計使徽宗同意推選一位武林盟主，藍天幫幫主藍破天因有望奪位更慘被害死。其女兒藍若飛不惜漠視皇法，意圖報仇，幸得神捕司相救才倖免於難。與鐵手更產生了一段糾纏不清的感情。
諸葛先生發現蔡京勾結齊王趙昌，企圖謀朝篡位，於是親自當臥底接近蔡京，意圖搜查罪證。豈料蔡京將計就計，反過來陷害諸葛先生勾結齊王謀反，終令諸葛先生面臨抄家被斬之命運。與此同時，鐵手和追命同時質疑諸葛先生建立神捕司的用心，只是貪圖權利的手段，無情在桑芷妍的多次出賣下心灰意冷，終日借酒消愁，結果令神捕司與四大捕快同時陷於分崩離析的狀態。幸好危急關頭時，曾為殺手的冷血依然忠於諸葛先生，遂拚死逃避蔡京等人的追殺，四處尋回陷於分裂狀態的三大捕快，希望團結眾人為諸葛先生平反冤案、以及揭破蔡京謀朝篡位的大陰謀。 諸葛先生的冤案終獲平反，神捕司也得以重開，四大捕快功不可歿，深被朝廷和江湖頌贊，從此人稱四大名捕。