與上集前傳一樣為新導演新劇情據傳舊版一、二、三集的反派人物“小丑”、“雙面人”等也會相繼在前傳續集《蝙蝠俠前傳2：黑暗騎士》中全員到齊，大壞蛋一籮筐，拭目以待。 　　可怕的黑暗漸漸散去的哥譚市，在蝙蝠俠(克利斯蒂安•貝爾飾)“秋風掃落葉”般的武力之下，逐漸回復了往日的平靜。犯罪率呈直線下降。自然，也有哥譚市政府官員詹姆斯•高登(加里•奧德曼飾)以及地區檢察官哈威•丹特(艾倫•艾克哈特飾)的不少功勞。當然蝙蝠俠的老管家阿爾弗萊德•潘尼沃斯(邁克爾•凱恩飾)和資深的“技術顧問”盧瑟斯•福克斯(摩根•弗裏曼飾)也時刻在為他的後勤保障而殫精竭慮、獻計獻策。但和平和寧靜似乎總不像人們奢望中的那樣長久。很快，兇殘的小丑(希斯•萊傑飾)帶著他的小丑軍團便開始大肆“席捲”全城，燒殺搶掠無惡不作。原來，氣焰囂張的小丑的終極目標，正是蝙蝠俠……
故事從小丑帶著手下搶了一家黑道的銀行開始，手下們被小丑的伎倆玩弄，開始自相殘殺。當晚假的蝙蝠俠試著阻礙黑道與稻草人之間的毒品交易。此時真的蝙蝠俠現身，而後他在戰鬥中受了傷，讓他想重新設計蝙蝠裝。蝙蝠俠、高登隊長和新的檢察長哈威丹特計畫將黑幫斬草除根，哈威就能當上公開的英雄。同時布魯斯發現瑞秋在與丹特交往，由於罪犯在丹特強烈的正義感下一一被起訴，加上對瑞秋回心轉意的期盼，蝙蝠俠萌生了“退隱”的念頭。 　　
黑幫老大開會討論如何對付蝙蝠俠、高登和丹特，華裔的黑幫銀行老闆-劉告訴黑幫老大，他搶先在丹特所策劃的扣押黑錢計畫執行前，就將黑道的錢移往香港。小丑突然現身說明高登和丹特都是因為蝙蝠俠的出現而掘起，並提議用一半的黑錢，來雇用他殺死蝙蝠俠，遭到黑幫拒絕。 　　當蝙蝠俠順利抓到逃回香港的劉並轉交給丹特後，黑道同意雇用小丑殺死蝙蝠俠。此時小丑向全高譚市宣佈，只要蝙蝠俠一天不自首，往後每天都會有人死亡。當小丑按照預言暗殺了警長羅伯和審判黑幫的法官等公眾官員後，蝙蝠俠找到第三位被預言者哈威丹特並表明他決定自首。在他自首前，丹特搶先宣稱自己就是蝙蝠俠，希望借此引出小丑。小丑中計現身想殺死丹特，卻被高登和蝙蝠俠阻止並被逮捕。 　　
蝙蝠俠開始審問小丑，他透露瑞秋和丹特已被帶到城市的兩端，並放置了兩個遙控爆裂物，之間的距離讓蝙蝠俠無法同時救他們。蝙蝠俠立即出發去救瑞秋，同時高登和員警去救丹特。但小丑故意將瑞秋與丹特的位置說反，讓兩人救的物件對調。透過炸彈的掩護，小丑與劉順利逃出警局。蝙蝠俠即時救到丹特，但丹特被火燒毀了半個臉，被送往醫院。高登卻沒救到瑞秋，造成她在爆炸中身亡。丹特因瑞秋的死陷入瘋狂，此時小丑來到醫院釋放了丹特，並說服他必須向員警、黑幫、高登和蝙蝠俠復仇，丹特至此成為了雙面人。 　　
當哈威一一質問並用硬幣決定貪汙員警和幫派份子的生死時，小丑把一半黑幫的錢和劉一起燒掉。小丑再次向眾人宣佈他將會統治街道，留在高譚市的市民在夜晚來臨時都將受他統治。橋和隧道因為小丑的炸彈威脅而封鎖，政府開始以渡輪撤離民眾。小丑已事先在兩艘渡輪上放了炸彈，一艘載著民眾，另一艘載著囚犯，並告訴兩邊的乘客，自救的方法就是用他放在船上的引爆器，引爆另一艘船隻。否則，兩艘船都會在午夜時被遙控炸毀。 　　
蝙蝠俠鎖定了小丑的位置並阻止他炸毀船隻。被打倒後，小丑瞭解蝙蝠俠是不可能墮落腐敗的，丹特卻不是。小丑已將丹特的狂怒釋放出來。蝙蝠俠發現丹特綁架了高登和他的家人，被帶到瑞秋死亡的大樓殘骸。丹特開始用擲硬幣來決定他自己、蝙蝠俠和高登兒子的生死。丹特朝蝙蝠俠的腹部開了一槍。就在丹特決定小男孩的生死前，蝙蝠俠撲倒了丹特，兩人摔落到下一層樓，丹特無意識的躺在地上。 　　
蝙蝠俠和高登知道若哈威謀殺員警的事傳出去，會讓城市混亂且道德淪陷，而這就是小丑的最大目的。蝙蝠俠說服高登，讓自己扛下這些罪名，以維持哈威“光明騎士”的形象。 　　
片尾高登發出了蝙蝠俠的追捕令、敲毀了蝙蝠信號，並給了蝙蝠俠 “黑暗騎士”的稱號。