一群菁英科學家在設備精良的海底研究中心，進行創世紀的醫學研究，沒想到他們卻改變了自然生態，讓一群惡鯊變得聰明敏捷。這些隱藏在平靜海面下的殺手，正蓄勢待發，以報復人類為樂趣…… 　　
生化制藥廠的老闆法蘭克林（山繆傑克森飾），是海底研究中心的贊助金主。他提供龐大資金讓蘇珊麥博士（莎佛朗布洛絲飾）研究抗老年疑呆症的神奇藥丸。麥博士與他的研究小組在孤立海中的海底研究中心，以最古老的生物--鯊魚為實驗物件，取其腦中蛋白質，注入人類壞死腦細胞，以完成偉大的醫學成就。但法蘭克林因為投資失利，預備終結研究中心的經費贊助，這對於成功在望的麥博士而言不啻是一個重大的打擊。在努力說服下，法蘭克林只好要求盡速看到成果，並且前來研究室目睹他們的成就。這時候暴風雨也正在緩緩的向海底研究中心逼近…… 　　
為達到目的，麥博士早已加大鯊魚的腦容量，以萃取更多腦蛋白，但同時鯊魚也逐漸變的聰明，並且越來越強壯。但這不為人知的改變只有麥博士和鯊魚朝夕相處的潛水夫卡特（湯瑪斯傑恩飾）察覺。 　　
雖然卡特曾向鞏蘇珊麥提出警語，但蘇珊麥為使得實驗正常進行，置之不理。終於，在最後一次的成功實驗中，向人類展開致命的報復，求援有直升機在風雨中趕到，卻也不幸被聰明的巨鯊襲擊，一場不可避免的大災難於是展開。他們該如何對抗自己創造出來的變種惡鯊，誰又能從這險境中死裏逃生？！