正德十六年，武宗駕崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言聞被封為太醫院吏目。
李言聞好友吳藥師因治錯小郡主的病，被關入牢中。吳藥師臨終托孤，將女兒吳斯語許配給李時珍。
長大後李時珍進陽明書院學習，和荊王府世子朱成翊成為同學。朱成翊希望拉攏李時珍為自己所用，卻被李時珍嚴詞拒絕。朱成翊遂與李時珍成了死對頭。
李時珍偶遇一個美麗的少女朱萇葶，卻發現她脈象異常，命不久已。李時珍給她治療多年頑症，兩人產生愛慕之情。一次偶然的機會，李時珍發現少女居然是荊王府郡主。
李時珍希望能考取功名，得個一官半職，與萇葶也不是不可能。朱成翊得知李時珍趕考，便派人買通主考官。
李時珍被考官誣陷舞弊，趕出考場。李時珍心結鬱積，一病不起。
萇葶暗中派人送信與李時珍商量私奔，得不到任何回應，失望之余病情加重，也臥倒不起。荊王急忙下令要李言聞替女兒看診，可是李時珍命在旦夕，李言聞根本無法離開。危急時刻，斯語出面坦承自己的藥膳是治療郡主的關鍵，立下生死狀，進入荊王府救治萇葶。
成翊要求斯語留在自己身邊，在王府享受榮華富貴，被斯語拒絕。
李時珍終於和斯語完婚，並且跟隨父親正式開始行醫。
李時珍經過幾輪考試，終於進入太醫院。
此時朱萇葶拜道士陶仲文為師，整日沉迷於煉丹食丹不能自拔；而藍行義則和已成為楊妃的楊雪英勾結，利用所學醫術，在後宮興風作浪；朱成翊也來到京城，和嚴世蕃勾結一氣，貪淫無道；景王和裕王爭奪太子之位，嚴嵩和徐階兩派政治鬥爭激烈。李時珍捲入這波瀾詭譎陰謀重重的宮廷鬥爭之中……