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高中生偵探工藤新一,被稱為“日本員警的救世主”、“平成年代的福爾摩斯”、“關東的名偵探”。一次在與青梅竹馬毛利蘭去遊樂園遊玩時,發現兩個行動詭異的黑衣人。工藤新一跟蹤他們直到交易現場,另一個黑衣人琴酒趁其不注意從後面將他一棒擊倒,並灌下一種名為APTX-4869的神秘毒藥企圖殺他滅口,但因為副作用他的身體竟回到發育期的孩童狀態。考慮到要是黑衣人知道他還活著,必將使周圍的親朋好友受到牽連,於是工藤新一化名為“江戶川柯南”寄住在毛利蘭的家中,想借助其父親毛利小五郎來找尋黑衣人。不料小五郎不但對其沒有幫助,還是個冒失的迷糊偵探。所以發生案件後,柯南就用阿笠博士發明的手錶型麻醉槍讓小五郎睡著,接著用蝴蝶結型變聲器模仿他的聲音來進行推理,解決了許多連警方都束手無策的案件。同時也結交了許多同伴,也一直尋找著黑衣組織的人的下落,希望有朝一日將其繩之以法,並變回原來的樣子……