高中生偵探工藤新一，被稱為“日本員警的救世主”、“平成年代的福爾摩斯”、“關東的名偵探”。一次在與青梅竹馬毛利蘭去遊樂園遊玩時，發現兩個行動詭異的黑衣人。工藤新一跟蹤他們直到交易現場，另一個黑衣人琴酒趁其不注意從後面將他一棒擊倒，並灌下一種名為APTX-4869的神秘毒藥企圖殺他滅口，但因為副作用他的身體竟回到發育期的孩童狀態。考慮到要是黑衣人知道他還活著，必將使周圍的親朋好友受到牽連，於是工藤新一化名為“江戶川柯南”寄住在毛利蘭的家中，想借助其父親毛利小五郎來找尋黑衣人。不料小五郎不但對其沒有幫助，還是個冒失的迷糊偵探。所以發生案件後，柯南就用阿笠博士發明的手錶型麻醉槍讓小五郎睡著，接著用蝴蝶結型變聲器模仿他的聲音來進行推理，解決了許多連警方都束手無策的案件。同時也結交了許多同伴，也一直尋找著黑衣組織的人的下落，希望有朝一日將其繩之以法，並變回原來的樣子……