1999年，長野縣長野市松代的皆神山座落著一座私立學院。這座學院因為接二連三發生奇怪現象，被周圍的人稱作“超自然學院”。這座學院的校長和學生都夜以繼日的研究這些奇怪現象。校長去世後，非常討厭“超自然”的校長的女兒神代瑪雅接替了他的位置，她遇見了從2012年穿越來的內田文明。這之後，他們二人不斷遭遇學院內的奇怪現象，最後終於得知了內田文明回到1999年的理由……

動畫目錄
　　第1話 瑪雅的預言
　　第2話 文明的到來
　　第3話 清風過
　　第4話 文明的崩壞
　　第5話 夏之梢
　　第6話 文明的道程
　　第7話 瑪雅的朋友
　　第8話 媽媽咪呀!
　　第9話 雪中光芒
　　第10話 暖爐之光
　　第11話 瑪雅之死
　　第12話 千縷風.美之踏尋
　　第13話 瑪雅的文明