胡笳漢月的故事發生在南北對峙，同時也是對民族大融合的北魏時期，漢家女子馮桂兒(寧靜飾)自幼生活在宮中，面對腥風血雨的宮廷政變時，她臨危不亂，果敢鎮定，維護了北魏的穩定團結，深受太武帝拓跋燾(唐國強飾)的賞識，被欽定為文成帝皇后。
當時北魏鮮卑貴族勢力採用原始落後的統治模式治理國家，限制了生產力和農耕經濟的正常發展，社會矛盾異常尖銳。一些有遠見的政治家，在治國理念上與部分保守落後的貴族勢力形成尖銳對峙。
馮皇后(即馮桂兒)的好友李甜兒為文成帝生了一子，即後來的獻文帝。按照鮮卑“子貴母死”的舊制，獻文帝被立為太子前，李甜兒即被賜死。獻文帝因為聽說母親如被立為皇后，就可免於一死，所以一直對馮太后(即馮桂兒)耿耿於懷，誤解愈深。
獻文帝(夏雨飾)當政後，與矢志改革政弊的馮太后處處作對。起初，馮太后對他處處忍讓，甚至甘於退至幕後，著意培養獻文帝之子拓跋宏(即孝文帝)。然而獻文帝仍執迷不悟，為打擊馮太后，他與保守的舊貴族勢力相互勾結，製造事端，威脅改革的順利進行，馮太后迫不得已，聯合各族大臣，經過周密部署，巧妙地除掉了獻文帝，擁戴孝文帝登基。馮太后自己則掌控朝政，立志推行改革。
逐漸長大成人的孝文帝(王泊文飾)，愛上純情少女林明珠。馮太后深為不滿。後來因為林明珠已經懷孕，不得不同意孝文帝納其入宮，但為鞏固自己的力量，馮太后竟在大婚時偷樑換柱。孝文帝深受打擊。
為推行改革，馮太后與孝文帝啟用頗有能力的寒士李彪(羅嘉良飾)為欽差，山東琅琊督察“均田制”和“三長制”施行。因李彪得知與自己私定終身的小姐王珊瑚家就在琅琊，所以易服探訪，被嫌貧愛富的王夫人(廖學秋飾)趕了出來。李彪發誓出人頭地，一雪前恥，因此放手一搏，出色完成任務。返回都城後，他被破格提拔任用，同時也贏得美人歸。
馮太后因為操勞過度，過早辭世。孝文帝繼承她的遺志，堅決推行改革路線，先後進行遷都、改穿漢族服裝、改漢姓、說漢話等大刀闊斧的重大變革，使北魏社會形態從以遊牧為主體的原始形態，一躍進入以農耕經濟為基礎的封建社會。但是由於改革觸動了很多貴族豪強的根本利益，以源賀、拓跋子推為首的少數舊貴族千方百計進行反撲，逼死了孝文帝摯愛林明珠，又誘使太子元恂觸犯刑律，迫使孝文帝忍痛殺死太子。
李彪因為身份改變，在別有用心的陰謀集團拉攏下，越陷越深，最後成了保守派攻擊改革派、並向孝文帝反攻的藉口。經過痛苦抉擇，孝文帝不得不處死李彪。珊瑚也殉情而死。
雖然改革之路艱難曲折，步步面臨生死考驗，付出巨大代價，但在北魏幾代政治家前僕後繼的不懈努力下，終於大功告成，譜寫了一曲民族融合、社會和諧進步的歷史讚歌。