故事講述的是從東京都西部被分割出來的學園都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力不同，可以分為7級，從無能力（Lv0）到絕對能力（Lv6）。故事的主人公上條當麻是這裏的一個無能力者，一直過著不幸的生活，但他並非完全沒有能力，而是他的能力是能夠將一切異能效果無效化，名叫幻想殺手。某一個暑假的日子，在家裏的陽臺上，他遇見了一位修女，這位少女自稱自己的名字叫禁書目錄（Index），從魔術的世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，上條當麻的命運被徹底改變，……掌握了十萬三千本魔法書（魔導書）的少女與擁有抹殺一切幻想的“幻想殺手”右手的少年，將面臨一系列驚險故事……