故事從97年《最終幻想VII》結局兩年之後開始，當人們以為世界已經和平之時，所謂的“星痕症候群”的病卻開始四處蔓延，世界再度面臨危機。同時曾經為拯救世界而戰的英雄克勞德卻與世隔絕孤獨的生活著……
　　劇情敍述主角們打倒薩菲羅斯（Sephiroth），拯救星球免於巨大隕石的侵襲後兩年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陸續傳出病例。而主角克勞德（Cloud）在與艾瑞絲（Aerith）死別後，便鬱鬱寡歡。某日突然出現了與薩菲羅斯有未知關聯的以卡丹裘（kadaj）為首的神秘3人組“謎”，除了直接對克勞德造成威脅之外，還進行著一連串有關“再結合”復活薩菲羅斯（Sephiroth）秘密的計畫，將已回歸各自生活的主角群們，再次的捲入風波中……