地球並不只是人類的天下，其實有1500名外星人生活中我們當中，而星際移民局則處理和外星人相關的事情。
紐約普通警察愛德華茲（威爾•史密斯 飾）因緣際會之下加入了這一組織，成為MIB的一員，代號J，從此沒有名字、沒有身份，成為特警K（湯姆•李；瓊斯 飾）的搭檔。
J應對的第一起事件就是蟲族的入侵。亞基倫王子羅斯伯在地球被蟲族殺害，而他隨身攜帶的“銀河系”——宇宙次原子能源的最好來源也失蹤了，若蟲族找到，將給亞基倫人帶來毀滅性的打擊；亞基倫人發出最後通牒，如果地球人不能在一個小時之內交出“銀河系”，他們就摧毀地球。
為了地球的安全，K和J不得不挺身而出。