鯉窪學園偵探部副部長霧峰涼正拜托怪人老師石崎浩見擔當偵探部顧問時，同班同學奈緒子跑了過來。說是田徑部的足立駿介倒在沙地上了。嗅到案件味道的涼飛奔 向現場。足立說是被人從背後打了。沙地上留下了兩個人的腳印。一個是足立自己的，另一個是第一發現人奈緒子的。足立認為犯人是奈緒子，可是從位置關系來看 不可能是她。石崎也突然說出“犯人不是人”。那麼到底犯人是什麼呢？當天夜晚，在石崎主辦的流星觀測會上，天空出現了奇怪的綠色飛行體。石崎叫喊道“是 UFO”，並跑了出去。石崎和涼飛車追隨著向X山方向遠去的綠光。看丟了UFO的石崎他們卻發現了倒在地裏的女性。那是寵物商店的店員恭子。烏山千歲和部 下祖師古大藏開著警車來到現場。可是，現場也只留下了被害人的足跡。那麼，沒有足跡的連續殺人犯是外星人嗎？消失的UFO去了哪裏呢？!