《超凡蜘蛛俠》的故事發生在彼得·帕克念高中的時候，他在小的時候就被自己的親生父親和母親遺棄了。從小到大，都是他的叔叔本和姑姑梅在撫養他。而帕克自己，也在孜孜不倦地尋找著和自己身世相關的線索。
終於，帕克發現了壹個父親的壹個公文包，這個公文包裏的線索似乎讓他看到了當年他的父母遺棄自己的理由。按照公文包裏的東西的提示，帕克找到了奧斯考博和科特·康納斯博士的實驗室。這個康納斯博士是他父親的前合作夥伴，他和帕克父母的失蹤有著千絲萬縷的聯系。
可是，他卻並不著急要告訴帕克關於他父母的事情，而是要帕克變成了蜘蛛俠，而他自己則變成了蜥蜴人--他要帕克自己來尋找真相。背負著使命的帕克在正義和信念的驅使下，利用自己獲得的力量，變成了壹個超級英雄。