哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 飾）立誌要建立一個非同尋常的公園：恐龍將是這個公園的主角。他把眾多科學家收歸旗下，利用琥珀裏面困住的遠古蚊子體內的血液，提取出恐龍的基因信息，利用這些信息培育繁殖恐龍。結果如願以償，他把怒布拉島建立成了一個恐龍公園，堅信可以從中賺取大錢。然而，科學家們則憂心忡忡。
不幸的事情果然發生了。雖然公園有電腦系統管理，但卻因為被員工破壞而造成了無法挽救的失控：所有的恐龍逃出了控制區，人們紛紛逃竄卻逃不過恐龍的魔爪。恐龍自相殘殺，人們亦死難無數，最後幸存者寥寥，只得四人逃出生天。怒布拉島上空彌漫著恐怖的氣息。

當年在努布拉島營建侏羅紀公園時，約翰•哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 飾）曾把附近的索納島作為恐龍的制造工場。侏羅紀公園淪陷後，索納島上的恐龍在完全隔絕且缺少必要合成元素的情況下生存了4年時間。哈蒙德對此頗感好奇，他重新找到馬科姆博士（傑夫•高布倫 Jeff Goldblum 飾），邀請他前往小島考察。4年前經歷讓馬科姆心有余悸，他斷然拒絕哈蒙德的提議，但當得知女友莎拉（朱麗安•摩爾 Julianne Moore 飾）已前往小島之時，只得跟隨探險隊整裝出發。
在索納島上，另一組野蠻的探險隊已經先期到達，他們抓捕恐龍將其買到外國。利欲熏心使得這些貪婪之徒全然不顧危險，竟然打起暴龍的主意。索納島旋即變成恐怖的屠殺地獄……

繼索納島恐龍逃往事件過去已有八年，艾倫•格蘭特博士（山姆•尼爾 Sam Neill 飾）無論如何也不願再返回那個鬼地方。雖然發下重誓，但現狀不得不讓他收回誓言。他的一項史前動物研究陷入資金緊張的窘境。而這時，富有的商人保羅•科比（William H. Macy 飾）及其夫人阿曼達（Téa Leoni 飾）找到艾倫，邀請他作為向導帶他們乘飛機前往索納島觀光。一方面酬勞頗豐，一方面又得知不用著陸小島，好了傷疤忘了疼的艾倫接受了他們的邀請。
然而事情卻朝相反的方向發展，他們的飛機最終迫降小島。至此他才得知，原來科比夫婦來此的目的竟是為了尋找失蹤的兒子。與此同時他還發現，經過八年的自然進化，恐龍中最聰明的速龍竟然擁有了自己賴以交流的語言。這一次他的對手不僅兇惡，而且更為狡猾……