清朝末年北洋水師大敗，慈禧接十三格格回宮輔佐政務。十三格格向慈禧獻上鐵路圖，奕欣舉薦鐵路專家張海生輔佐十三修建樣板鐵路。修建鐵路的過程中，玄親王帶頭抗拆，李蓮英的三弟也帶頭私搭亂蓋，私吞補償款。十三格格親臨第一線，調查取證，指揮若定，終於把他們制服。慈禧的弟弟、隆裕的父親桂祥以給百姓釘門牌為理由橫征暴斂，導致百姓暴動，十三格格聞知此事將他法辦。在合作的過程中，十三和張海生逐漸產生了感情。但七貝勒深愛十三，以致因愛成狂，甚至誤了大事，被慈禧貶到東陵看守皇陵。慈禧在十三的勸告下，決定和皇帝一起祭拜東陵，給人以帝後和睦的印象。李蓮英的管家把這個消息賣給了匪徒，匪徒沿路狙擊慈禧，幸得七貝勒飛身相救。十三格格學以致用，憑借過人的智慧巧妙周旋於各種舊勢力之間，雖幾經風險，終得全身而退。