宇宙殖民地移民經過數百年的宇宙時代，爭奪地球圈霸權的戰爭結束了，本以為和平的時代已經來臨，然而卻是快要面臨著崩毀。
A.G.（Advanced Generation）101年
突如其來的不明敵人（UE=Unknown Enemy）攻擊宇宙殖民地“天使”並使其崩毀，這死傷慘重的悲劇日後被稱為“天使的日落”，之後UE對居住在地球圈的人們帶來長期的危害。
A.G.108年
與UE的戰鬥持續著，原本和平的宇宙殖民地“奧凡”也遭到襲擊，居住在此的7歲少年弗裏特·明日野在戰火中失去了母親。不過，母親在臨終時，將家中代代相傳的記憶單元“AGE裝置”托付給他。其中包含著被稱為救世主的古代MS“高達”的設計圖，弗利特繼承了母親的意誌，決心造出高達。
A.G.115年
14歲的弗利特被宇宙殖民地“諾拉”的聯邦軍基地阿林斯頓接收。七年間，和基地的工程師們持續著研究，終於完成了高達。這部搭載了“AGE系統”的高達，能夠令機體自我進化。
然而，可怕的時刻終於來臨……
UE的魔爪終於逼近和平的殖民地“諾拉”。
如今，弗利特開動自己制造的高達，挺身而戰。
到底弗利特能戰勝14年間都不能戰勝的可怕敵人UE嗎？
歷經明日野家族3代人的“百年戰爭”由此展開……