CLAMP學園是一所涵蓋幼兒園、小學、中學及大學的超級學院。學院由妹之山財團出資設立，秉持著培育優秀人才的信念。而其財團的繼承人——妹之山殘（岡村明美 配音）目前則出任小學部學生會會長。他的好朋友，也是其左右手的鷹村蘇芳（新山誌保 配音）和伊集院玲（南央美 配音）各有各的本事。蘇芳是日本忍者世家鷹村家的後裔，身手不凡，性格冷靜；玲則是怪盜千面人的兒子，長相可愛，精通料理。而殘則是女性之友，他頭腦聰明，魅力非凡，只要是看到遇到麻煩的女性，他都會極盡全力想要幫助。
三人組建起了偵探團，接受各類案件，幼年版“F3”，“CLAMP學園男公關部”的模式，一場場華麗的冒險就此展開。