中國，印第安納瓊斯博士（Harrison Ford飾）與上海黑幫老大交易，對方在換得努爾哈赤的骨灰後便背信棄義，欲滅瓊斯之口。關鍵時刻，機靈小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan飾）救下瓊斯博士和無故卷進的一位歌女威莉（Kate Capshaw飾）。
由於三人乘坐的飛機失事，跳機後，乘著橡皮艇，他們竟漂流到了印度的一個村子。這裏河水幹涸，莊稼盡毀，饑荒橫行，民不聊生。當地人將之歸咎為彭高皇宮的妖孽作怪，並將“從天而降”的瓊斯一行視為神靈的化身，他們請求瓊斯幫他們拿回被擄走的聖石和所有的小孩子。
魔宮果然充滿古怪，統治者是個小屁孩，貴族們吃水蛭、巨蟒、甲蟲、猴腦，皇宮內部更是機關重重，誤打誤撞間，他們目睹到血腥的邪教獻祭儀式……這一仗註定艱苦異常！