19年後，印第安納瓊斯博士（Harrison Ford飾）再次啟程，旨在將埃克托王國遺失的水晶骷髏頭骨歸還原地——傳說中，歸還聖物者將被賜予巨大力量。
在瓊斯的老友奧克斯發現水晶頭骨前，這一切還只是傳說。可奧克斯之後卻不知何故喪失了心智，並落入蘇聯特工隊的手中。為首的冷酷女間諜艾瑞娜（Cate Blanchett飾）深深著迷於所謂的神秘力量，她脅迫瓊斯一行人與其共同前往亞馬遜流域，找尋失落的黃金城埃克托王國。
在秘魯密林，瓊斯等人和蘇軍展開酣暢淋漓的戰鬥，其間還伴隨著沼澤、食人蟻、原始土著攻擊等致命威脅，在他們歷經千難萬險，最終踏入密室的那一刻，世界上最奇異的景象出現了……