黑百合公寓百度影音講述了剛與家人搬進破舊住宅區的明日香（前田敦子飾演），第一天晚上，便被隔壁老人所傳出的奇怪聲響給吵醒。出於對老人的關心，明日香走進他的房中，竟發現老人已經因為營養嚴重不良而死去。更恐怖的是，老人看來就像在挖進明日香的房間。而在次日淩晨，奇怪的聲響又再度從隔壁響起…。
    不久之後，明日香從遺物整理員原（成宮寬貴飾演）口中，得知這個社區經常發生恐怖靈異事件，也讓她開始探究死去老人所傳遞的訊息。只是她萬萬沒想到，某天自己的家人竟全員失蹤，整個家也被清空。陷入極度恐慌的明日香，轉而尋求　原協助，兩人因而發現十三年前在這住宅區，所發生的一樁死亡之謎…