上一季末，Peter在Hiro的幫助下毀掉病毒，Hiro將Adam送回過去，一切看似恢復太平...
然而，Niki為救Monica消失在爆炸的火光當中，Nathan也在記者會上中彈生死未蔔
一波未平，另一邊Sylar已借Claire的血液重獲新生，更加黑暗的旅程才剛剛開始...
S3將分兩部分呈現給觀眾---Villains惡人(1-13集)和Fugitives逃亡者(14-25集)
英雄們將面臨抉擇，究竟是誰走向了邪惡? Level 5是個什麼地方? 人們口中的惡人們又是何人?
哪些人淪為了逃亡者--是惡人們四處逃竄還是曾經的英雄只能落得亡命天涯的下場...