因為偷稅事件，曾經處於精英組的百合根友久（岡田將生 飾）被踢到早先成立的科學搜查班（ST）擔任指揮官，通過之前的合作，雖然百合根始終未能完全接受青山翔（誌田未來 飾）、結城翠（蘆名星 飾）、黑崎勇治（漥田正孝 飾）、山吹才藏（三宅弘城 飾）以及ST實際領導者赤城左門（藤原龍也 飾）這群怪人的行徑，卻也為他們自身那極度專業和見斥於周遭的氣息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一課，一面又打算多守護ST的各位一段時間。隨著作為後盾的三枝警官（渡部篤郎 飾）的離開和ST新任監查松戶紫織（瀨戶朝香 飾）的到來，ST面臨生死存亡的危機。赤門漸漸走出家門，百合根則成為遏止這頭怪物不可或缺的重要存在……