平凡大學生夜神月（窪田正孝 飾）偶然撿到寫有“DEATH NOTE”的奇怪筆記本，起首部分還有如何使用的說明。完全沒把它當回事兒夜神在上面寫下了一直欺負他的高中同學的名字，誰知對方竟然真的在預定時間意外死亡。事後他又利用死亡筆記救下被歹徒劫持的父親，從而確認了這個筆記本的真實性。與此同時，模樣恐怖的死神琉克（福島潤 配音）出現在青年面前，聲稱夜神已成為死亡筆記的主人，如何使用由他自己決定。在此之後，夜神利用筆記本殺死數十個罪大惡極之人，由此被網民奉為神明基拉。可是他的動向很快被天才少年L（山崎賢人 飾）查明，L宣稱要將基拉繩之於法。
死亡筆記的殘酷剛剛開始，更可怕的對決即將到來……