天正十二年（1584年）出生於日本岡山縣英田郡大原町宮本。小時候跟從父親新免無二之助一提真學習當理流兵法。在《五輪書》中，自述在十三歲初次決鬥戰勝了「新當流」的有馬喜兵衛，十六歲擊敗但馬國剛強的兵法家秋山，二十一歲赴京都，與來自各國的兵法家交手，從十三歲到二十九歲，決鬥六十餘次，沒有一次失手。劍術以外還是手裏劍和體術（徒手武術）等多種多樣武術的高手，二十來歲已經開創一派號稱「圓明一流（圓明流）」；慶長十年（1605年）寫下劍術書《兵道鏡》。寬永年間（1624年～1644年）完成二刀的兵法，號稱「二天一流」。武藏的決鬥事迹中，最廣為人知的莫過於「岩流島決鬥」，也就是在慶長年間在長門國（今本州山口縣下關市）的舟島（浮在關門海峽上的岩流島），與岩流的劍客佐佐木小次郎對決的故事。大部份人認為宮本武藏在這次決鬥中戰勝了佐佐木小次郎，但實際上決鬥的經過、勝敗、甚至宮本武藏的對手到底叫什麼名字，不同資料的記載亦有不同，仍然有待查證。此外，亦有傳當時佐佐木小次郎被宮本武藏擊暈而放在船上，後由德川家康暗中殺死。