東京灣水隧轟然巨響、大水灌入，突發原因不明的崩塌事件。首相官邸召集閣僚開緊急會議，大多認為「原因是地震、海底火山」，看過網路目擊影片的內閣官房副長官矢口蘭堂（長谷川博己）指出海中可能棲息巨大生物，內閣總理大臣輔佐官赤坂秀樹（竹野內豐）及周圍的人對矢口意見皆付之一笑。其後，在海上巨大不明生物現身，驚慌失措的政府相關人員收集情報追蹤之際，巨大生物登陸鎌倉沿路破壞建物前進，日本政府因應設置緊急對策本部下達防衛出動命令，美國國務院則派遣總統特使加代子·安·派特森（石原聰美）關切，面臨未曾有的威脅，不僅日本、世界也注視其動向。自衛隊與稱作「哥斯拉」的巨大生物在川崎市展開大決戰，究竟人類是否抵禦得了這遠遠超出所知的「完全生物」……